Origen: Procede de la villa de su nombre, en la provincia de Valencia.

Uno de los más antiguos y principales caballeros de este apellido fue Alonso de Ayora, que desde la mencionada villa pasó a la corte y fue Maestresala del Rey don Juan II de Castilla. Su hijo, Juan de Ayora, pasó a Andalucía y se establecióen Ecija (Sevilla). Era escudero del citado Momarca, y casó con doña Leonor de Argote, de la tuvo a Rodrigo de Ayora, que pasó a Córdoba, y contrajo matrimonio con doña Constanza de Rojas, naciendo de esta unión el célebre Gonzalo de Ayora, Veinticuatro de Córdoba y cronista de los Reyes Católicos.

En la villa de Villar del Ladrón, del partido judicial de Priego (Cuenca) , radicó otra rama de este este apellido, de la procedió Juan de Ayora, que de su esposa, doña Felipa de Antón Sáez, tuvo a Juan de Ayora, segundo del nombre, que casó con doña Ana Goméz, y fueron padres de Mateo de Ayora y Gómez, capítan de los navíos de Buenos Aires y Caballero de la Orden de Santiago, en la que ingresó el 20 de Mayo de 1701. Este Caballero y todos sus ascendientes mencionados eran naturales de Villar del Ladrón.

Escudo de Armas: En campo de azur, un león rampante de oro y bordura de sable con ocho castillos de plata.

Vilar y Psayla dice que hay también Ayora que tienen estas armas: Escudo partido 1º, de oro, con un lobo de color natural, lampasado de gules, y 2º, de azur, con águila de oro. Bordura de plata con ocho armiños de sable.