El apellido es árabe, pero los Albújar son de ascendencia sefardita (judío español). Después de la Reconquista de España, los Reyes Católicos expulsaron a todos los no cristianos (musulmanes y judíos). Sefarditas de apellido Albújar acabaron asentándose en el Imperio Otomano en la región que hoy conocemos como la Macedonia yugoslava. Esa población (y los Albújar de la zona) fue diezmada durante la Segunda Guerra Mundial cuando fueron llevados en masa a los campos nazi de exterminación.