En su carácter de ex secretario de Seguridad y Justicia porteño, Juanjo Alvarez declaró como testigo en el juicio político que se le sustanció al jefe de Gobierno Aníbal Ibarra. Afirmó que en esa secretaría "había gente valiosa, mecanismos adecuados, gente con nivel de formación correcto, pero no alcanzó". 

Alvarez señaló que, cuando asumió el 7 de enero de 2005, ocho días después del incendio que causó 194 muertes en el local Cromañón, "no es que no existía nada" en esa dependencia comunal: "sobre la estructura que había, teníamos que redireccionarla en función de la situación concreta y lo que son mis criterios objetivos con los cuales gestiono".