Promediando la primera gestión de Juanjo Alvarez como intendente, es convocado por el Gobernador de la Provincia de Buenos Aires para asumir la conducción de la Secretaría de Relaciones con la Comunidad y Formación del Ministerio de Justicia y Seguridad bonaerense. En junio de 1998 reasumió la intendencia de Hurlingham y en las elecciones generales del 24 de octubre de 1999 su gestión y liderazgo es plebiscitado al ser reelegido como Intendente de Hurlingham por el voto del 57 por ciento de sus vecinos. 

Además del apoyo evidenciado en las urnas, su tarea como intendente y su política de “participación popular, equilibrio presupuestario y transparencia administrativa”, tales los ejes que definió para el desarrollo de su gestión, fue motivo de estudio por parte de la Universidad de Harvard, allí quedó registrado como Caso de Estudio C14-99-1493.0, en la Escuela de Gobierno John F. Kennedy del mencionado prestigioso centro académico norteamericano, en el marco del análisis de casos exitosos de gestión local y división de municipios.

 

La administración municipal de Hurlingham también fue reconocida por la Organización Mundial de la Salud y en esa materia logró en julio de 2000, el primer premio a las políticas de Salud en el XI Congreso Internacional de Políticas de Salud y el VIII Congreso Latinoamericano de Medicina Social realizados en La Habana, Cuba.

 

En octubre del año 2001, en el marco en una crisis muy profunda de todos los ámbitos de la vida del país, acepta el desafío de asumir como Ministro de Seguridad de la Provincia de Buenos Aires.

 

El 23 de diciembre de 2001, luego de la renuncia del Presidente de la República, es designado por las nuevas autoridades como Secretario de Seguridad Interior de la Nación. Tal designación, concretada luego de los trágicos episodios ocurridos durante los últimos días del gobierno de Fernando de la Rúa, terminan conformando un reconocimiento a la prudencia y sensatez con que gestionó la seguridad pública en su jurisdicción en el marco de aquel estallido social generalizado, imponiendo a partir de allí el criterio de “no criminalizar la protesta” originada en el conflicto social.

 

En julio de 2002 es designado por el presidente Eduardo Duhalde como Ministro de Justicia, Seguridad y Derechos Humanos de la Nación, cargo que desempeñó hasta el cambio de administración producido el 25 de mayo de 2003.

 

A fines del mismo año 2003, asume por breve lapso como Ministro de Seguridad de la Provincia de Buenos Aires, desde donde condujo el diseño y la puesta en marcha del Plan Director de Seguridad Pública.

 

En los primeros días de 2005 fue convocado por el Jefe de Gobierno de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, a raíz de la crisis provocada por la tragedia del local bailable “Cromagnón”, para reformular integralmente la Secretaría de Seguridad porteña. Durante los cuatro meses que comprometió su trabajo, el modelo de gestión implementado no sólo cambió sustancialmente el sistema de seguridad de la Capital argentina, sino que fue tomado como base para el resto de las jurisdicciones.

 

Cumplido el período comprometido en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, renuncia para reasumir el mandato con el que Juan Jose Alvarez  fue honrado por el pueblo de la Provincia de Buenos Aires: Diputado Nacional para el período 2003-2007.